1、生物有機肥料 農業和畜牧業的廢棄物或有機垃圾經有益微生物發酵、加工而成的有機肥料稱為生物有機肥料。生物有機肥料含大量有機質和大量活的有益微生物及微生物代謝產物，兼有微生物接種劑和有機肥料的作用。由于企業的生產技術、菌種來源各不相同，存在的問題也相應較多。生物有機肥料與其它生物肥料(如微生物接種劑、復合微生物肥料等)在使用的菌種、生產工藝等方面各有不同。 首先，在菌種使用方面，微生物接種劑使用的菌種主要是圓褐固氮菌、巨大芽孢桿菌及根際促生細菌芽孢桿菌和假孢菌。但這類菌種基本上沒有發酵的功能。其次，在生產工藝上有所不同。生物有機肥料還沒有國家、行業或地方標準，農業部生物肥料質量監督檢驗測試中心正組織有關專家進行生物有機肥料標準的制定工作。企業要生產，應先制定企業標準作為產品生產和質量檢驗的依據。建議企業在制定標準時，把活菌數定為≥0.2億個/克，有機質≥35%。

　　2、秸稈腐熟劑和畜禽糞便、有機垃圾發酵劑 隨著經濟的發展，農畜業集約化經營和農業龍頭企業的發展，農畜業廢棄物和生活垃圾污染環境的現象日益嚴重，如何處理這些有機廢物一直是令環保部門頭疼，被農業部關注的問題。一些發達國家開始采用微生物發酵方法處理固體有機廢棄物。中國也有一些單位開始對固體有機廢物進行試驗和應用。

　　3、微生物接種劑微生物接種劑是指用已知的有益微生物經液體發酵生產而成的液體活菌制品，或菌液經無菌載體吸附而成的固體活菌制品。生物肥料的產品質量不穩定是微生物接種劑生產中存在的主要問題。其主要原因在于菌種、載體和發酵設備方面。菌種方面主要表現在菌種混雜、菌種退化、菌種組合不合理。微生物生產企業大多規模不大，技術力量和檢測能力有限，無法將菌種純化后再生產，有的企業更是沒有發現菌種已污染了雜菌。菌種退化也是企業在生產中經常遇到的難題，一方面是菌種供應方的問題，它希望企業長期購買它的菌種，因此在技術上進行了處理，另一方面是企業購買原種后進行了多次的轉接傳代，但又沒有提純復壯的技術。解決的方法是提純復壯和更換菌種。發酵設備不完善，也是微生物接種劑不合格的主要原因，微生物在無雜菌條件下發酵是接種劑生產的必備條件。許多企業采用敞口設備生產，或雖有標準發酵罐但無空氣過濾器，都不可能生產合格產品。吸附微生物的載體持水性差、載體偏酸偏堿、載體滅菌不完全和載體中的微量元素過高(主要企業在生產過程中加的)。

　　4、光合細菌肥料 光合細菌肥料發展很快，主要用于畜禽飼養和水產養殖，也可以用于農作物拌種和葉面噴施。

　　5、復合微生物肥料 復合微生物肥料是20世紀90年代的新產品。此類產品的種類較多。復合微生物肥料的產品形式主要有三種。一種是微生物接種劑與有機物料、無機肥料混合后造粒;第二種是微生物接種劑與有機肥料混合造粒然后與化肥復合肥混合包裝;第三種是在有機無機復合肥的包裝中附加一袋微生物接種劑，在田間施用前，將接種劑與有機無機復合肥混合。

　　6、“酵素菌”和“EM ” “酵素菌”和“EM ”均是從日本引進的微生物發酵劑產品。真正以“EM”為名獲農業部登記的全國還沒有一家，事實上“EM”本身在日本就未獲日本政府的登記。發展EM和“酵素菌”，首先要清楚“EM”和“酵素菌”所含的確切菌種類型，菌種的來源無論是自制的、還是從境外購買的都要經過鑒定，而且要鑒定到種。在企業無確切的生產標準，產品無量化指標、無檢測方法的情況下，不宜組織大的課題進行研究、推廣。

　　7、乳酸菌有機肥。代表是乳酸屎腸球菌“Anp01"。把含氮有機物噴施屎腸球菌，堆積發酵7-28天，含氮有機質會被酵化，發酵分解率高達40%以上，完全滿足有機肥的基本要求。乳酸屎腸球菌“Anp01"是為數不多的耐高溫乳酸菌，在堆積發酵高溫達到50度時，仍然可以有效繁殖發酵，這是乳酸菌發酵有機肥成功的重要因素。